Rosalía contrae matrimonio con Manuel Martínez Murguía en octubre de 1858. Murguía era un intelectual y periodista de reconocido prestigio. Conoció a Rosalía en Madrid. Sobre las relaciones de este matrimonio existen diferentes versiones. Hay quien sostiene que Rosalía tuvo un amor anterior con Aurelio Aguirre y que nunca abandonó esta relación, lo cual le produjo una cierta mala conciencia y bastantes remordimientos. Pero también hay quien habla de ciertas infidelidades por parte de Murguía.
Lo que sí es cierto es que, a la muerte de Rosalía, Murguía quemó todas las cartas de su mujer. El propio Murguía decía:
«Como ya se acercan los días de la muerte, he empezado por leer y romper las cartas de aquella que tanto amé en este mundo. Fui leyéndolas y renovándose en mi corazón alegrías, tristezas, esperanzas, desengaños, pero tan llenas de uno que en realidad, al hacerlas pedazos, como cosas inútiles y que a nadie importan, sentí renovarse las alegrías y dolores de otros tiempos.
Verdaderamente la vejez es un misterio, una cosa sin nombre, cuando he podido leer aquellas cartas que me hablaban de mis días pasados, sin que ni mi corazón ni mis ojos sangraran. ¿Para qué?, para que me decían. Si hemos de vernos pronto, ya hablaremos en el más allá».
De lo que no cabe duda es que Murguía influyó mucho en el prestigio literario de Rosalía, introduciéndola en los círculos literarios más selectos y ayudándola a perfeccionar sus obras.
Rosalía tuvo seis hijos de los cuales uno murió al año de nacer a causa de una caída. Esta muerte significó un gran dolor para ella y lo expresó en distintos poemas.